Elle est née à Genève le 4 mars 1695, dans une grande famille de la ville : son père est négociant et bourgeois de Genève, son grand-père (Benedict Calandrini) professeur de théologie à l’Académie, de nombreux membres de la famille peuplent les différents Conseils de la ville. La famille s’installe à Lyon en 1711 et figure parmi les plus riches de la cité. Elle subit l’influence du prophétisme camisard, elle est en rapports avec les French Prophets de Londres (d’anciens camisards réfugiés en Angleterre qui diffusent des idées millénaristes) et avec des piétistes suisses. Les filles de la famille Huber se mettent à prophétiser et Marie part en 1715-1716 admonester les pasteurs de Genève, évidemment sans aucun résultat. Elle rentre à Lyon malade et ne se rétablit pas avant 1719. Elle compose son premier ouvrage en 1722, un Écrit sur le Jeu et les Plaisirs (aujourd’hui perdu), où elle montre que toute récréation est contraire à l’esprit chrétien.
Vivant à Lyon jusqu’à la fin de sa vie, dans une discrétion totale, elle publie anonymement deux livres en 1731 : Le Monde fou préféré au monde sage, et les Sentiments différents de quelques théologiens sur l’état des âmes séparées des corps (réédité au moins neuf fois, généralement sous le titre : Le Sisteme des anciens et des modernes). Les controverses provoquées par ces publications l’amènent à proposer une ample synthèse du christianisme, les Lettres sur la religion essentielle à l’homme, publiées en 1738, toujours anonymement, être éditées, avec des suppléments, plusieurs fois. Marie Huber publie en 1753 un dernier livre reprenant de longs extraits commentés d’un best-seller anglais, le Spectateur Anglais de Steele et Addison. Elle meurt peu après, le 13 juin 1753. Ses parents font paraître un an plus tard un Recueil de diverses pièces servant de supplément aux lettres sur la religion essentielle à l’homme.
Au cours de ces années, Marie Huber évolue d’un piétisme exalté à une théologie raisonnable qui est une des sources de l’Émile de Jean-Jacques Rousseau. L’accent est toujours mis sur la conscience, réceptacle de la parole de Dieu, mais qu’elle considère comme étant toujours en accord avec les lumières de la raison. Elle cherche surtout à convaincre les incrédules et les déistes de bonne volonté de la vérité du christianisme. Pour cela, elle veut éliminer ce qu’il y a de plus choquant dans la religion, un Dieu cruel qui condamnerait éternellement les pécheurs à des supplices éternels. C’est pourquoi la plupart de ses livres réfutent l’idée d’un enfer éternel et affirment la réconciliation finale de tous les êtres avec Dieu, après un temps de purgation plus ou moins long. Elle part pour cela d’une vérité première, l’existence d’un Être suffisant à soi dont le premier attribut est la bonté, et elle en déduit sa volonté de sauver tous les êtres qu’il a lui-même créés. Son raisonnement, très rationnel même s’il s’appuie sur la Bible, a pu influencer un certain déisme chrétien du temps des Lumières. Mais il a été combattu par les différentes Églises. Marie Huber, qui se dit chrétienne, réformée, se situe loin des Églises, des théologiens et des catéchismes, qu’elle critique fortement.
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